Vườn Quốc gia Ba Bể khu rừng đặc dụng, nơi bảo tồn các nguồn gen quý hiếm. Về thực vật có: 162 họ, 672 chi, 1.268 loài thực vật bậc cao có mạch, trong đó có 77 loài được ghi tên trong sách đỏ Việt nam, 38 loài có mức độ đe doạ toàn cầu được ghi trong sách đỏ Thế giới. 52 loài đặc hữu của Việt Nam như: Trúc dây, táo đỏ...
Về động vật có: 81 loài thú, trong đó có 27 loài được ghi trong sách đỏ Việt Nam, 19 loài được ghi trong sách đỏ thế giới; 322 loài chim, trong đó có 21 loài ghi trong sách đỏ Việt Nam, 6 loài được ghi trong sách đỏ thế giới; 44 loài bò sát lưỡng cư, trong đó có 17 loài được ghi trong sách đỏ Việt Nam, 17 loài được ghi trong sách đỏ thế giới; 106 loài cá, trong đó có 11 loài được ghi trong sách đỏ Việt Nam, 1loài được ghi trong sách đỏ thế giới.
Theo kinh nghiệm du lịch Bắc Cạn hầu hết các khách đi du lịch Bắc Cạn thì đều ghé thăm vườn quốc gia, đến đây du khách có cơ hội tham quan nhiều điểm du lịch hấp dẫn như: Động Puông, Thác Đầu Đẳng, Ao Tiên, Hồ Ba Bể, Đảo Đền An Mã, Đảo Bà Goá, hang Thẳm Khít, động Nà Phoòng, động Hua Mạ.
Điểm du lịch Bắc Cạn này được xem là khu du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng hấp dẫn đối với du khách trong và ngoài nước với cảnh quan thiên nhiên tuyệt đẹp, bản sắc văn hoá độc đáo. Những nghiên cứu khoa học khẳng định đây là khu vực giàu có về đa dạng sinh học, có nhiều nét đặc trưng của hệ sinh thái điển hình rừng thường xanh trên núi đá vôi và hồ trên núi, rừng thường xanh đất thấp.