Không những nổi bật bởi vẻ đẹp kỳ diệu, hùng vĩ của thiên nhiên, quần thể danh thắng Tràng An còn là nơi hội tụ những giá trị đặc biệt nhất mà không phải nơi nào cũng có được.
Tràng An xưa kia là kinh đô của nhà nước phong kiến đầu tiên của Việt Nam. Nơi đây được đánh giá là khu vực có vẻ đẹp tự nhiên độc đáo vào loại quý hiếm trên thế giới. Với lối xây thành tận dụng lợi thế của thiên nhiên, lấy núi làm thành, lấy sông làm hào, nối những dãy đá vôi với nhau bằng các tường thành nhân tạo dựng nên một kinh đô, kinh thành vững chãi, một kinh đô đá độc đáo hiếm hoi khiến nhân loại phải thán phục.
Không chỉ có vậy, với hệ thống 48 hang động cùng nhiều tên gọi gắn với các câu chuyện như Hang Sinh, Hang Địa Linh, Hang Ba Giọt, Hang Nấu Rượu, Hang Quy Hậu… Tràng An hiện là danh thắng duy nhất của Việt Nam có nhiều hang động xuyên thủy… Cùng với hệ thống hang động là hơn 30 thung ngập nước. Mỗi thung là một bức tranh thủy mặc khác nhau, vừa hùng vĩ vừa thơ mộng, hữu tình.
Môi trường thiên nhiên nơi đây cũng rất đa dạng và hài hòa. Giữa phong cảnh núi non sông nước, rừng rậm bao phủ còn có khu vườn nhiều chim muông và thú quý. Đó chính là vườn chim Thung Nham với hệ sinh thái rừng ngập nước tự nhiên trên diện tích khoảng 334,2 ha, trong đó có 19 ha rừng nguyên sinh và khoảng 46 loài chim, trong đó có một số loài được ghi vào sách Đỏ như Giang Sen, Cốc Đế nhỏ…
Kiến trúc hoành tráng của chùa Bái Đính
Trong quần thể danh thắng Tràng An còn có sự hiện diện hàng trăm ngôi đền, chùa, miếu, phủ...các công trình kiến trúc tôn giáo và tín ngưỡng hiện hữu trong các hang động, mái đá hay bên sườn núi, đều đồng điệu cùng với thiên nhiên và có kiến trúc mang tính kỹ thuật cao được xây dựng ở những thời điểm khác nhau. Đặc biệt là khu văn hóa tâm linh chùa Bái Đính với kiến trúc hoành tráng, đồ sộ, đậm chất Á Đông. Chùa Bái Đính cũng là ngôi chùa lớn nhất Đông Nam Á và giữ nhiều kỷ lục Việt Nam